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Quelle est la technique d'analyse du microbiote intestinal la plus efficace ?
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Entre le séquençage 16S et la Métagénomique Shotgun, il n'est pas toujours simple de s'y retrouver... Faisons le point
329,00€
https://nahibu.com/fr
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L'analyse du microbiote s'est largement appuyée sur le séquençage du gène de l'ARN 16S, une approche de séquençage qui cible une région conservée dans le génome bactérien. L'expansion du séquençage 16S a conduit à des bases de données taxonomiques bien organisées qui ont permis aux chercheurs d'étudier la composition microbienne de différents environnements, en particulier le corps humain, jusqu'au niveau du genre. Cependant, cette technologie n’égale pas la métagénomique Shotgun. 

À ce jour la technologie d’analyse la plus fiable et précise, utilisée par Nahibu, est la Métagénomique Shotgun. Contrairement au séquençage de l’ARN 16S généralement utilisé, et qui cible un seul gène, la métagénomique shotgun, aussi appelée métagénomique totale, étudie l’ensemble du génome des bactéries présentes dans l’échantillon. Cette technique de séquençage fournit ainsi un niveau d’information plus précis et permet, non pas de travailler au niveau genre bactérien comme en 16S, mais d’avoir une cartographie du microbiote intestinal plus fine au niveau espèce voire même souche bactérienne. La métagénomique shotgun offre également la possibilité d’extraire le contenu en gènes fonctionnels de chaque génome de micro-organismes séquencés et ainsi de fournir des informations sur le potentiel fonctionnel du microbiote et donc des fonctions des gènes microbiens (exemples : rôles du microbiote intestinal sur l’équilibre psychique ou l’inflammation intestinale).



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